由于鸡粪的含水量不同，有人工清理的鸡粪，有机械清理的鸡粪。人工清理的鸡粪含水量一般在45％-55﹪左右，机械清理的鸡粪含水量一般在70％-80％之间。人工清理的鸡粪含水量可以发酵，机械清理的鸡粪含水量太高，不能直接发酵。需要先经过脱水机脱水，使水分降到45％-55﹪左右才可以发酵。

鸡粪中含有大量的微生物有害病菌，不能直接施用，需百要进行深度高温发酵。发酵的目的主要是两个，一是杀灭有害病菌，二是将未充分消化的物质进行有机质化，增加实际有机质的含量。

发酵需要在发酵槽中进行，或发酵罐中发酵。即将鸡粪堆积在发酵槽中，同时添加度适量的发酵菌剂，通常发酵的时间为7-12天。鸡粪中含有大量的微生物有害病菌，不能直接施用，在发酵鸡粪时把鸡粪发酵剂菌种混合在发酵槽或发酵罐中，搅拌均匀进行发酵作业。一般春天和秋天5-7天就可以发酵好了，夏天时间短点，5天就可以，冬天时间要长一点，需要12天左右，一般是没有臭气，只有淡淡的酒曲香气和菌香气。不能有令人不快的气味，不再吸引蚊蝇。发酵后的粪便颜色呈灰黑褐色或浅灰色，堆肥出现白色或灰白色菌丝。团粒结构疏松，颗粒直径小于1.3cm，即为发酵好了。

经过深度发酵后的鸡粪，进行烘干，粉碎，筛分。筛分后的鸡粪即可直接施用，但还只是称之传统的农家肥，尚不能称之为商品有机肥料。
 但如知果要制成商品化的有机肥料，即执行NY525-2002标准。按照这个标准，NPK的总含量必须大于或等于5%，有机质必须大于等于30%，水份小于等于20%，PH值在5.5-8.0。当然还有其他的要求，如道五项重金属的含量不能超标，蛔虫卵死亡率和大肠杆回菌值等都需要符合标准。达到这些标准再经过  搅拌，造粒，烘干，分级，包膜，包装。做成颗粒商品有机肥。